Les peintures naturelles, contrairement aux peintures conventionnelles, travaillent avec les matériaux. Par exemple, si de l'eau pénètre dans une fissure, elle n'est pas enfermée et peut sécher. De plus, les peintures naturelles embellissent le matériau recouvert et vieillissent mieux que les autres.

L'intérêt de la peinture n'est pas négligeable, même sur des maisons écologiques. En effet, outre les raisons esthétiques, elle sert à protéger le bois et la maçonnerie. Elle ne doit cependant pas empêcher le contact de l'air avec les matériaux et pour cela, seules les peintures naturelles peuvent être utilisées.

Obtenues à partir de la presse des graines de lin à fibre, l'huile de lin et la peinture à l'huile de lin sont utilisées pour peindre les boiseries intérieures et extérieures. Pressée à froid sans ajout de pigment, elle pénètre bien dans le bois et, après un certain temps, se durcit et le protège contre les insectes et l'humidité. 

La peinture à la chaux, très ancienne, a été utilisée dans l'écovillage pour la peinture intérieure des murs en argile. Elle doit être appliquée en couches fines et jamais à la lumière directe du soleil. 

Pour la peinture des murs intérieurs, la chaux a été souvent remplacée par des peintures à base de produits naturels, qui sont inoffensives et sans odeur.